1896年,台北、台南兩地傳出「黑死病」的疫情,也就是鼠疫、百斯篤,這大大影響早已深受台灣風土病困擾的日本官員與軍隊,深怕軍心恐慌,也擔心來台的日人意願。
幸好日本政府殖民初期以「瘴氣論」觀點來看待台灣的疫病,因此積極改善台灣環境衛生,以預防大規模傳染病的發生,這正好也影響了「黑死病」在台灣的醫療與防疫措施。
為了避免鼠疫到處流散,總督府首先派遣衛生課課員前往疫區調查,並且發佈有關「黑死病」相關的訓令、告示、通告等,並以地方廳警察課為基層的防疫中心,藉著保甲組織,由派出所、警察、保正、甲長組織起的規訓監控機構。不僅讓國家權力可以深入台灣基層社會,指揮保甲強制管理監督管區內各家戶的衛生事務,建立起一個嚴密監控的防疫體制。